Нечистоты, сбрасываемые Молдовой в Днестр на границе с Украиной, могут вызвать бактериологическое заражение реки на территории этих государств. Однако молдавская сторона не решает вопрос об очистке украинского участка Днестра, ссылаясь на нехватку средств.

В конце августа 2007 года Всемирный банк выделил Молдове 4,5 млн долларов для реализации проекта строительства очистных сооружений. Проект реализуется в рамках международного соглашения с Украиной относительно ликвидации причин, обуславливающих загрязнения окружающей среды и реки Днестр.

С 1993-го по 2001 год неочищенные стоки из молдавского города Сороки периодически разливались из старого неисправного трубопровода на улицы украинского села Цекиновка, загрязняя грунты, подземные и наземные воды, колодцы, расположенные возле коллектора, и реку Днестр. Из-за отсутствия денег на проведение текущих ремонтов с 2001 года использование комплекса было приостановлено. Стоки из Сорок после первичной обработки начали сбрасывать прямо в Днестр.

На протяжении 2001–2006 годов Украина и Молдова проводили переговоры о ликвидации загрязнения бассейна реки Днестр и эксплуатации очистных сооружений, итогом которых стала договоренность о ремонте либо строительстве в Сороках очистных сооружений и вывозе молдавской стороной загрязненного ила с территории Украины.